Das Bundessortenamt unterstützt das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) bei der fachlich-rechtlichen Vorbereitung von Rechtsvorschriften auf dem Gebiet des Sorten- und Saatgutwesens. Dazu bedarf es der stetigen Diskussion und Zusammenarbeit mit Interessenverbänden der Saatgut- und Züchtungswirtschaft, den zuständigen Länderstellen sowie einer engen Abstimmung mit dem zuständigen Fachreferat im BMEL.

Eine enge Zusammenarbeit besteht weiterhin mit dem Julius Kühn-Institut (JKI), der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE), anderen Einrichtungen im Geschäftsbereich des BMEL und der Länder sowie Spezialeinrichtungen und Universitäten bei Resistenz- und Qualitätsuntersuchungen. Die Prüfungssysteme werden gemeinsam mit den Bundesländern, Züchtern und anderen betroffenen Wirtschaftskreisen weiterentwickelt. Im Rahmen der Zusammenarbeit mit den für Saatgutanerkennung, Saatgutverkehrskontrolle und Überwachung bestimmter Vertriebsregelungen zuständigen Länderbehörden prüft das Bundessortenamt die Sortenechtheit von Saat- und Pflanzgut für die Saatgutanerkennung sowie in bestimmten Fällen auch das im Verkehr befindliche Vermehrungsmaterial per Nachkontrollanbau und anderen geeigneten Untersuchungen. Zugleich ist das Bundessortenamt Koordinierungsstelle des Bundes zu den Saatgutanerkennungsstellen und Saatgutverkehrskontrollstellen der Länder.